يأتى التعديل لاسيما وأن القانون القائم خلا من مٌكنة قيام "هيئة الإنفاق" من تشغيل وإدارة مشروعات مترو الأنفاق التى تنفذها سواء بنفسها أو بواسطة غيرها، وفى الوقت الذى عهد القانون للهيئة تنفيذ مشروع مترو الانفاق فى مصر وتسليم كل مشروع بعد إتمام تنفيذه إلى الجهة التى سيعهد إليها بالتشغيل، وحدد مواردها لم ينص على اعتبار حصيلة نشاط التشغيل وإدارة المشروع من بين تلك الموارد.
وفى هذا الصدد، جاء تعديل المادة الثانية من مشروع القانون المُشار إليه بالنص على قيام الهيئة القومية للأنفاق بتصميم وتنفيذ مشروعات الأنفاق مع إضافة مشروعات النقل السككى بالجر الكهربائى، مع النص على جواز قيام الهيئة بتصميم وتنفيذ مشروعات مماثلة خارج الجمهورية بعد موافقة وزير النقل، والحق فى تأسيس شركات مساهمة بمفردها أو بالاشتراك مع شركاء آخرين لإدارة وتشغيل وصيانة مشروعات خطوط مترو الأنفاق ووسائط النقل السككى بالجر الكهربائى والقيام بالأعمال التى تدخل فى نطاق أغراض الهيئة بعد موافقة وزير النقل، والتعاقد مع جهات الخبرة الأجنبية والمحلية والاستعانة بها فى تصميم أو تنفيذ المشروع.
وجاء تعديل المادة الثالثة من مشروع القانون، ليضيف إلى الهيئة موارد جديدة مثل عوائد استثمارات أصول مشروعات الهيئة وحصيلة نشاط الهيئة ومقابل الأعمال والخدمات والاستشارات وإجراء البحوث والدراسات التى تؤديها للغير فى الداخل والخارج، وحصيلة النسب التى تحدد من صافى أرباح الشركات التى تنشئها الهيئة طبقا لأحكام المادة الثانية من المشروع، علاوة عن الهبات والإعانات التى يقبلها مجلس الإدارة بما يتفق مع أغراض الهيئة، المبالغ التى تخصصها لها الدولة فى الموازنة العامة، أموال المعونة والقروض التى تعقد لصالح الهيئة.
واستحدث مشروع القانون، مواد جديدة بأرقام (المادة الثانية مكرر)، (المادة الثانية مكرر 1)، (المادة التاسعة)، حيث نصت المادة الأولى، على أن تؤول إلى الهيئة القومية للأنفاق ملكية أصول الخطيين الأول والثانى لمترو الأنفاق.
أما المادة الثانية مكرر، فأجازت منح التزامات المرافق العامة للمستثمرين للمصريين وغيرهم، سواء أكانوا أشخاصاً طبيعيين أم اعتبارين، وذلك لإنشاء وإدارة واستغلال وصيانة أى من مشروعات خطوط مترو الأنفاق ووسائط النقل السككى بالجر الكهربائى دون التقيد بأحكام القانون رقم 129 لسنة 1947 بالتزامات المرافق العامة والقانون رقم 61 لسنة 1958 فى شأن منح الامتيازات المتعلقة باستثمار الثروة الطبيعية والمرافق العامة وتعديل شروط الامتياز.
ووضعت المادة سالفة الذكر، عدة اشتراطات وقواعد حاكمة، لا يجوز الإخلال بها، ممثلة فى أن يتم اختيار الملتزم فى إطار من المنافسة والعلانية، ألا تزيد مدة الالتزام خمسة عشر عاما، أن تحدد وسائل الإشراف والمتابعة الفنية المالية التى تكفل حسن سير المرافق بانتظام واضطراد، عدم جواز التنازل للغير عن الالتزام إلا بعد موافقة مجلس الوزراء، المحافظة على كل مكونات المشروع من أسطول متحرك وخطوط وشبكات وغيرها محل الالتزام وجعلها صالحة للاستخدام طوال فترة الالتزام، على أن تؤول ملكيتها للهيئة فى نهاية مدة الالتزام بدون مقابل وبحالة جيدة صالحة للاستعمال، ويُصدر بمنح الالتزام وتحديد شروطه وأحكامه أو تعديلها، فى حدود القواعد والإجراءات السابقة قرار من مجلس الوزراء بناءً على اقتراح وزير النقل.
أما المادة التاسعة مكرر من مشروع القانون، فتنص على أن "يقترح مجلس إدارة الهيئة أسعار أداء الخدمات التى تقوم بها الهيئة طبقًا لنظم التكاليف المحاسبية والأسس التى يقرها مجلس الإدارة".